پنجره های اتاق تمیز در ساختار دیوارها و درب های اتاق تمیز جای می گیرند. مهمترین کابرد این پنجره های ایجاد شفافیت بصری جهت نظارت بر فرآیندهایی است که در اتاق تمیز در حال اجرا می باشد. علاوه بر آن پنجره های اتاق تمیز با ایجاد ارتباط بین کارکنان در دو اتاق، با کاهش تردد آنها، سبب پیشگیری از انتقال ذرات و آلودگی اتاق های با کلاس کلین رومی متفاوت می گردند. پنجره های شیشه ای قابلیت تمیز کردن و ضد عفونی کردن بالایی دارند و در صورتی که دو جداره باشند عایق مناسبی برای انرژی و صدا هستند.
جنس پنجره ها اغلب از شیشه سکوریت با قطر 1.5 میلی متر می باشد که در قاب پروفیل آلومینومی آلونایز با آلیاژ 6065 (طبق استاندارهای FDA) قرار گرفته اند تمام درزها در محل اتصال به پروفیل با چسب آنتی باکتریال پوشانده می شود.
پنجره های کلین روم های دارویی اغلب در دو شکل نصب می گردند.
1- پنجره های تک جداره مورب (Beveled window): در این نوع پنجره ها، شیشه تک جداره در قاب آلومنیومی قرار گرفته اند و سطح قاب به صورت شیب دار منحنی شکل گرفاه است تا از تجمع آلودگی پیشگیری کند.
2- پنجره های فلاش مونت (Double flush mouthed window): این نوع پنجره ها، از شیشه های دوجداره در قاب آلومنیومی تشکیل شده اند. فاصله و قطر شیشه ها طوری طراحی شده است که در هر دو طرف، سطح یکسانی را با دیوار یا درب ایجاد کند تا احتمال تجمع آلودگی و ذرات به حداقل برسد. به این نوع طرحی اصطلاحاً (هم باد) گفته می شود.
در پنجره های دوجداره، فضای بین دو جدار شیشه با گاز آرگون پر می گردد. همچنین سیلیکاژل در بین دو پنجره استفاده می شود تا رطوب را جذب کرده تا از میعان آب ناشی از رطوبت و ایجاد کدورت و تاری دید، پیشگیری نماید.
درب های اتاق تمیز، جهت تردد پرسنل و مواد بین اتاق ها به کار می روند. جنس درب های کلین روم اغلب از نوع ساندویچ پنل است. قاب درب و چهارچوب آن از جنس آلومینوم سخت کاری شده با ضحامت 2.5 میلی متر است که با رنگ الکترواستاتیک با ضخامت 300 تا 400 میکرون پوشیده شده است. مهمترین شاخص برای درب های اتاق تمیز، مقاومت بالا و ضد ضربه بودن آن است. بنابراین جنس ساندویچ پنلی که برای ساخت آن استفاده می شود باید مرغوبترین نوع باشد. برای پیشگیری حداکثری از انتقال ذرات و آلودگی، لبه پایینی و گاهاً قاب درب با نوار لاستیکی درزگیری می شود. در برخی صنایع که احتمال آتش سوزی بالایی وجود دارد (صنایع الکترونیک، کارخانه های تولید مواد شیمیایی و برخی خطوط کارخانه های داروسازی و غذایی) از درب های با جنس ورق گالوانیزه با پوشش پودر PCGI و قاب فولادی قاب فولادی استفاده می شود.
نحوه باز شدن درب های کلین روم اغلب لولایی است که با 3 لوله به قاب وصل می گردد. اندازه و طراحی ارگونومیک درب ها باید به گونه ای باشد که راحتی تردد و انتقال پرسنل و مواد را ایجاد کند. درب های کشویی، اتوماتیک و چرخشی هم در مورادی که حساسیت چندانی در تغییر فشار اتاق تمیز وجود ندارد، به کار می رود. طبق استاندارهای FAD، درب ها باید با اهرم به قاب وصل بوده به نحوی که بدون دخالت دست بسته شوند. گاهاً از طراحی Push and Pull برای باز شدن درب ها استفاده می شود این درب ها قابلیت باز شدن به هر دو طرف را دارند اگه دکمه روی درب را فشار داده و به سمت داخل هل داده شود به سمت داخل باز شده و اگر دستگیره ها کشیده شود به سمت خارج باز می شود. این نوع طراحی برای درب های دو لنگه بزرگ اغلب در انبارها و راهرو ها کاربرد دارد.
درب های کلین روم های دارویی اتاقک های ورود و خروج پرسنل و مواد با کلاس هوایی متفاوت مجهز به سیستم اینترلاک هستند به نحوی که یکی از دو درب اتاقک، در یک زمان امکان باز شدن دارد و دیگری قفل می گردد. در بخی یموارد وقفه چند ثانیه تا 1 دقیقه تا اجازه باز شدن درب بعدی، وجد دارد که هوا به طور کامل تهویه شده و آلودگی و ذرات به اتاق های دیگر منتقل نشود.
